2001年天主教香港教區會議，雖然通過成立天主教大專的動議，但在一百四十一席出席者中投出了五十二張反對票，是當天的分項議決中最受人反對的，原因在於一眾教區人士對天主教大學抱有質疑。
林瑞琪博士現任聖神研究中心執行長，任教於香港樹仁大學新聞與傳播學系超過二十年。林博士作為高級研究員，多年來關注內地及香港教區事務，早於教區通過設立大專後，林博士已經開始關注天主教高等教育問題，並撰寫〈香港教區成立天主教大學面對困難不少〉一文作建議。
公教大專 過氣存在？
天主教大學有過百年歷史，但不少教友擔心，今時今日設立公教大專有違社會發展趨勢。林博士認同，現時成立天主教大學實屬過時。
「天主教綜合大學一定過時，除非是小型學院，或偏向專業的大學，否則會和時代脫節。」
林博士指出，天主教綜合大學過時的主因在於天主教會人手短缺，近年無論神職人員、天主教教師及天主教學生均不斷下跌，以往耶穌會大學大部分講師均為神父或教友，現時卻多為非教友。
以往神父修女較多，例如華仁校友必定記得當年校內有不少愛爾蘭神父教書。
現在，神職人員不足的情況嚴重得，莫講教師，甚至一家學校有一個神父當校長亦十分困難。校長台灣輔仁大學亦已經由第三任平信徒出任校長，反映天主教人員不足，難以支撐起一間天主教綜合大學。
他認為無必要另立一所公教大學，反而可以在普通大學建立天主教中心，例如現時香港中文大學的天主教研究中心，把天主教價值觀帶入俗世，與其他宗教進行交流。
三大疑難 地雷處處
林博士於教區通過設立大學後，便已提出香港設立的公教大學將面對三個問題，分別為財政上的困難、大學歸屬的問題及天主教大學的學術自由與宗座訓導間的矛盾。
第一個問題是財政上的困難，例如台灣的天主教輔仁大學雖然在私立大學中算是成功的一所，但其龐大營運開支對耶穌會、聖言會給台灣主教團三個團體均構成重大財政負擔。
林博士表示不了解耶穌會財政情況，但指出在香港由學院成為大學需要相當長時間，擔心會需要大量的資金投入。
至於明愛，他估計財政問題將會較少，因為明愛學費對比其他專上私立院校具有競爭力，故此能自給自足，維持營運。
成立天主教大學需要龐大資金投入，明愛已經向政府借貸三億，但相信未來仍要投入更多支持大學發展。
然而，「香港教區在牧民服務及社會事業上的積極進取，與財政上的投入息息相關」，正如林博士在其文中指出，教區需要大量資源以支持本地牧民及慈善工作，投放大量資源於單一範疇，將帶來財政上的限制，絕對有可能影響教區提供其他不同種類服務的活躍程度，這樣的投入是否划算？
雖然現時明愛暫時獲得教區財政支持之餘，專上學院亦成功維持收支平衡，新校舍更預計2016年度可以落成，大有「萬事俱備、只欠東風」之勢，但在香港，升格為大學資格之一是硬件設備，當中宿舍及文康設施是政府審核重要一環。
但明愛暫時難以興建宿舍，唯一折衷辦法就是借用明愛在牛頭角及太子的賓館改建。此舉貌似暫時解決問題，但明愛賓館原先供修讀旅遊管理的學生實習機會可能會減少，亦將影響賓館款待外賓的能力及明愛賓館大樓的原用戶。
另外，學校在將軍澳而宿舍在太子及牛頭角這安排也實在不合理。
輔仁大學原先在北京舉辦，後輾轉在1960年在台灣復辦。
第二是大學歸屬問題，正式天主教大學不能只向教會內某一機構負責，而需要和梵蒂岡有聯繫；而目前明愛專上學院隸屬明愛轄下，只需向明愛負責。
林博士認為，如果學校董事會與辦學團體或教會理念不一，決定校方政策時可能會造成衝突，所以未來天主教大專院校應盡量確保校董會與普世教會理念一致，「不過實行時仍要替技術層面，視乎實際情況處理衝突。」
另一個問題是天主教大學的學術自由與宗座訓導間的矛盾。2000年天亞社報導，台灣天主教輔仁大學修訂聘約，容許對不遵守宗座文件《天主教大學憲章》的教員作出處分，引起部分學者對該校的學術自由的質疑。
林博士指出，現今充分理解信仰問題的學者太少，產生衝突時未能進行解釋，令現時此危機更大機會出現。
「例如如果有醫學院，就可能產生贊成墮胎與否的爭議。」
不過，林博士認為，現時的明愛專上學院較少機會出現此問題，因為現時學院思想體系課程如神學、哲學較少，教研範圍亦未涉及信仰層面。
機危參半 尚待奮鬥
「天主教大學好少執！」林博士笑言，天主教大學一般可以維持很長時間。
他指出，天主教團體信譽良好，著重學生前程，極少主動結束學校，能給予家長及學生信心。
他特別舉例，早前本來已經準備結束的嘉諾撒聖心商學書院，為讓現時一年級學生可順利完兩年制的課程，決定在原址延多辦一年，但不會再招收新生。
然而，除營運時間較長，林博士坦言，天主教大學對比其他專上學院其實沒有特別優勢。
他分析，雖然暫時明愛專上學院在缺乏政府資助下仍然可以保持收支平衡，但對私立學院而言，長遠學費要訂於低水平以維持競爭力仍然有困難。
他更提到，近年各大學間競爭激烈，雖然本土資助學士學位長期不足，令副學士及高級文憑需求熱切，但現時香港中學畢業生如未能升讀資助學士學位，有能力的家庭均選擇送子女到海外升學。
這些海外大學中不少教學設施和質素均屬國際水平，部分地區學費連生活開銷更貼近香港水平，例如台灣讀大學一年總開銷只需約五萬元左右。而且這些大學多對香港學生的語文及學習能力看好，近年頻頻向港生招手，來港招生之餘，亦設有多項優惠政策例如免試、獎助學金等等吸引港生報讀。
未來天主教大學除要與本地私立專上學院競爭外，更要與海外鄰近地區競爭。
林博士希望教區先照顧本地天主教教友需要，先辦一些小型富天主教特色的課程，例如拉丁文課程。
他用香港中文大學作例子，指中大天主教研究中心的拉丁文課程反應熱烈，顯示本地教友對此類課程有一定需求。
他希望教區儘量避免「一步登天」，由小型課程開始，慢慢凝聚學生。他寄語明愛及耶穌會，切勿忽略辦大學的困難，同時祝願兩所天主教大學早日成功落成。
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